در باکو 4 مسجد (مساجد بی بی هیبت، تازه پیر، اژدربیگ و جمعه) با حمایت مستقیم دولت آذربایجان تعمیر اساسی شده است.
مرکز فرهنگی قفقاز/ به نقل از مساوات ،بنا به اطلاعات رسمی، مساجدی که در شهر باکو به عنوان آثار تاریخی از آن ها محافظت می شود به اضافه ی مساجدی که به عنوان محل عبادت از آن ها استفاده می شود، نزدیک به 140 مسجد وجود دارد.اما همانند شهرهای دیگر، در پایتخت آذربایجان هم یا بسیاری از مساجد فعالیت نمی کنند و یا برای کارهای دیگری از آن ها استفاده می شود. بدین گونه، با یک حساب تخمینی می توان گفت که از 120 مسجد موجود در باکو تنها 64 تای آن ها به عنوان مرکز عبادی مورد استفاده قرار می گیرد. به گفته ی الله شکو پاشازاده رییس اداره ی مسلمانان قفقاز، 2000 مسجد در جمهوری آذربایجان وجود دارد. اما در بسیاری از آن ها نماز خوانده نمی شود.به عنوان مثال، از 25 مسجد موجود در بخش ایچری شهر باکو تنها در 2 تای آن ها نماز خوانده می شود. مابقی مساجد یا درشان بسته است و یا به عنوان کتاب خانه و محل فروش اشیاء عتیقه فعالیت می کنند. ذز اخبار رسمی هم چنین آمده است، در 8 سال اخیر در جمهوری آذربایجان تعداد 117 مسجد، یک باب کلیسا و یک با کنیسه ساخته شده است و ده ها مسجد، 4 باب کلیسا و 2 باب کنیسه تعمیر اساسی شده اند. تشکیلات های دینی که از طرف دولت ثبت رسمی شده اند به 571 مورد رسیده است. 551 تای آن ها اسلامی و 21 مورد دیگر، غیراسلامی هستند.براساس گفته های کنعان روشن اوغلو کارشناس دینی جمهوری آذربایجان، کانون های عبادت در باکو بسیار کم هستند: «جای بسیار تأسف دارد که این موضوع به مشکل تبدیل شده است. در آذربایجان، به ویژه در باکو کم بود مسجد وجود دارد. مثلاً، در کشور همسایه ترکیه، کمی بیش از 80 هزار مسجد وجود دارد. یعنی، تقریباً به ازای هر 1000 – 900 نفر یک مسجد. این نسبت در جمهوری آذربایجان 5000 – 4500 نفر می باشد. در باکو کمی بیش از 120 مسجد وجود دارد. این واقعاً کم است. یعنی در شهر 3 میلیون نفری برای هر 25 هزار نفر یک مسجد وجود دارد».روشن اوغلو راه خروج از این مشکل را ساختن مکان های عبادی جدید می داند. لازم است در نظر بگیریم، بخش بزرگی از مساجد در جمهوری آذربایجان یعنی، 1750 تای آن ها، مساجد تاریخی هستند. تنها نزدیک به 200 مسجد در طول سال های استقلال آذربایجان ساخته شده است. این مسئله در باکو، مشکل بزرگی می باشد. در تعدادی از شهرک های بزرگ باکو، به ویژه در آن هایی که در دوره ی شوروی ایجاد شده اند، به ساخت مکان های عبادی نیاز هست.
